洁净厂房内有生产间、辅助间、管理区、公用动力设备区等。洁净辅助间包括人净化室、生活用室、物净化室、实验室和物料贮存用库房等；减少管理区用房（ 包括办公、会议等）并尽量设置在洁净室（区）外；公用动力设备区包括空调机房、冷冻机房、 净化用房、变配电间等，这类房间的设置通常与洁净厂房的规模、空气洁净度等级、产品生产工艺要求有关。
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